>>325
ディレクトリをDebugフォルダにしましたが正常に動作しました。
それどころか、OutputDebugStringの内容を表示してくれるソフトを起動しても正常動作になっちゃう。
本当にタイミングっぽいです。

>>324
ざっと検索してもclass CWndを使ってないんですが、
違う派生クラスになってるのかなぁ？

Cソースに接木でMFCが足されたようなソースで、メインウィンドウはリソースありません。
メニューとかダイアログとかはリソースですが。