たとえば以下の部分が

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main(int argc,char **argv)
{
char line[BUFSIZ];
FILE* fp;

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int main(int argc,char **argv)
{
char line[BUFSIZ];
FILE* fp;
っていうふうになります?
なりません
なんでかな
ちなみにcygwin上です
関係ないか