全部 ArrayList につっこんでから調べるよりつっこみながら調べる方がいいね

Reader rd;
ArrayList list = new ArrayList();
StringBuffer sb = new StringBuffer();
String line;

while((line = rd.readLine()) != null){
  if(list.indexOf(line) >= 0){
    sb.append(line + "\n");
  }else{
    list.add(line);
  }
}

String result = sb.toString();