unsigned char r_img[1024][1024], f_img[1024][1024];
で実行したらAn Access Violation(Segmantation Fault)でエラー出して強制終了します。

どれかひとつを[1007]にすればエラー出なかったんで、メモリ関係だと思うんですが…。
単なるメモリ不足、それともOSやコンパイラ関係の制限でしょうか?

環境はP4 1.6G、256MByteでwin2kにcygwinです。
大学のunix端末では動きました。