VC#かVC++でいいんじゃないかなぁ。
.NETのほうはいろいろ仕様変わるというかwin32APIに劣らないぐらい強力に、やがてはなるだろう
今からやっても理解力の面では多少の差が出るしいいと思うけどね。

.NET標準搭載になってもAPIは動くしバイナリコードも動くし、C++コードを後から必要なところだけ
MC++に書き換えて勉強するとかでもかまわないし。

この2つ以外選択肢はなくないか? windowsだと。