文字数えて最後の文字調べればよろし。
こんなかんじ。

void chomp(char *str)
{
　int len;
　if (str && ((len = strlen(str)) >= 1)) {
　　if (str[len-1] == `\n`)
　　　str[len] = `\0`;
　}
}

あと、君のsourceだと一行256以上だと破綻するってのは判ってるよね？