>>895
>>Javaのアプリケーションを使用する場合には
>>よくあることなのでしょうか。

ある。

ClasspathとかJVMはアプリケーションごとに適当にバッチファイルとかで設定するので、
レジストリとかは（あんまり）関係ないはず。多分。