Java3Dを普及させるようなキラーコンテンツが無いってのが
一番の問題かなあ･･･。

Java3Dで何か作っても、ランタイム入れないと見れないので、
普通の人はあまり見てくれない。
だから、Web上で見かける3DのJavaアプレットは
大抵Java3D使わずに、自前でレンダリングしてる。

Javaだけで何処まで3D表現が出来るかは、この辺を参考。
ttp://homepage1.nifty.com/open-prog/

"Old Contents"→"JAVAde3D"にあるアプレットを見れば、
どんな処理がどれ位の速度で出来るか、大体わかると思う。