Cプリプロセッサの#ifdefを使っての条件コンパイルをJavaでもやっているのですが、
eclipseでやろうとするとexternal toolsに登録すればいい、というのはわかります。
でもbuildのプロセスにそれも含めるにはどうすればいいでしょ?

それとも、プリプロセッサを使わないで済む方法とかありますか?

現状は
Hoge.src→(CPP -DPROJECTA)→Hoge.java (for A project)
Hoge.src→(CPP -DPROJECTB)→Hoge.java (for B project)
という感じです。