>>299
propertiesファイルはソースディレクトリに置いとけ。
コンパイル時にクラス(ビルド出力)ディレクトリにもちゃんと生成されるから。

クラス(ビルド出力)ディレクトリにだけ置いておくと、
プロジェクトのリビルドのときに消される。

>>310
今かかわっているプロジェクトの場合、
基本的には>>314と同じ流れだけど、2〜4の手順は
実行環境上にいれた管理Webアプリを通してブラウザから行っているな・・・・・・・
うちの場合、直接実行環境上でいじくるのは良しとされていないので。

一応コンパイル・JUnitでのテスト・デプロイ・再起動などができるようになっているけど、
結局最後が手動だからめんどい。