既存ソースの構造を維持したまま取り込む方法がわからん。

ソースファイルの設定したり、新規プロジェクトのターゲットフォルダに
既存のアプリケーションを指定したりすると、classesファイル以下をごっそり消される。

どういう理由にせよ、既存データを消すのは、設計として
良くないと思う。