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SDKスレが適当かなぁ。ま、答えると、

EnumWindow使って、enumprocで回ってきたhwndに対して
GetWindowThreadProcessIdつかって、該当のプロセスIDと
比較するのがいいのかな?

あ、HINSTANCEか。大抵exeのHINSTANCEはどこでも0x400000とか
なので、プロセスを区別できない。のでHINSTANCEからは原理的に
不可能なのデス。