原因があるのがJavaなのかPostgreSQLなのか分からないのですが、
Webアプリケーションで、DBへ登録処理を行うプログラムを
実行した後、サーバで ps -ax コマンドを打つと、

postgres: user dbname 127.0.0.1 idle in transaction

こうなっており、トランザクションの最中の状態の
ようです。ですが、commit処理からclose処理まで
きちんとされており、実際にDBにデータが登録も
されています。

原因はどういったことが考えられますか?