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こんなのどうですか？

JDesktopPaneとJInternalFrameを使って、
動的に読み込んだクラスをJInternalFrameに
表示するアプリを作る。（ある意味仮想デスクトップ）

各アプリは、InternalFrameで表示できる形にしておく。

仮想デスクトップなアプリを常時立ち上げておき、
そこにそれぞれのアプリを呼び出せば、
それぞれの立ち上げは速いはず。
今試してますが、結構いけそうな・・・

InternalFrame対応のアプリ
（ほとんど単にJFrameをJInternalFrameに置き換えるだけ)
がどんどん増えていけば、標準的な環境になるかも？