JavaWebStart って、アプリがローカルにキャッシュされてショートカットが出来ると、そこから起動した時の
カレントディレクトリがデスクトップになるのな。おまけにスタートメニューからだと"c:\"になってる。
インストールディレクトリという概念がないから、ユーザに指定させない限りローカルに設定ファイルとかを作れないような気が。
そりゃ絶対パス指定は出来るけど…"/"とか"/tmp"にファイル作るわけにも行くまい…。
たとえばWebクライアントアプリのキャッシュとか設定なんかはどこに保存すればいいんだろう?