>Aをインストールしたら「Aがインストールされました」
>その後Bをインストールすると「Aが削除されました」「Bをインストールしました」
>とダイアログが出ます。

「Aが削除されました」って出ているんだからそのとおりのことが起きたんだな。

コンポーネントAを含むパッケージとコンポーネントBを含むパッケージの名前が
同じと見た。

一つのパッケージに複数のコンポーネントを収めることができるのだよ。
逆に一つの環境には同一の名前のパッケージは一つしかインストールできない。

コンポーネントではなくパッケージの名前を再確認してみて。
なんだったらパッケージの名前（なんとか.dpk または .bpl）を教えて。