一般的には
自分をTEMPフォルダ等にコピーして起動
元の自分自身を削除
WININIT.INI(9x系)かMoveFileEx(NT系)でTEMPの自分を消す
かな。

他にはバッチファイルを吐き出して実行とか
アンインストールはinfファイルで起動するとか