>素朴な疑問なんですけど「.NET vs Java」っていったい何の戦いなんでしょうか?
どっちの環境が利用しやすいかについての戦い。
または、どっちの会社がえげつないかについての戦いとも言う。

>JavaにしかコンバートできないWSDL、
>.NETにしかコンバートできないWSDLでもあるんでしょうか?
そもそも、WSDLが特定の環境に依存するようでは、
WSDLの意義がまったくもって損なわれてしまいます。