>>200 自分も気になったので実験してみました。

--------cr.txt:
CR\r
CR\r
--------lf.txt:
LF\n
LF\n
--------crlf.txt:
CRLF\r\n
CRLF\r\n

というような3つのファイルを作りました（\rはCR、\nはLF）。
現バージョンのCygwinのcvsで、新規にリポジトリをinitしてから上記の3ファイルをimportしてcheckoutしてみました。
その結果、どのファイルもオリジナルから改行コードは変化しませんでした。

次に、checkoutした各ファイルをXyzzyで開いて、それぞれ改行コードがCR, LF, CRLFである行を1行ずつ末尾に追加しました。
例えばcr.txtならこんな感じ：

CR\r
CR\r
One more CR line\r

ここでcvs diffすると、cr.txtについてだけは"No newline at end of file"と言われました。まあLFがないんだからそうでしょうね。
で、update && commitして別ディレクトリでcheckoutしましたが、初回のcommit & checkout時と同様に、改行コードの変換はされていませんでした。
というわけで、「cvs diffやその他のUnix由来なCVS支援ツールは、LF前提かもしれないから、組み合わせてうまく動くかどうかは分からない」
という問題は残るけれど、Cygwin版cvs自体について言えば、意外と使えるかもという印象を持ちました。

ま、あまりきちんと検証してないので参考程度にしてくださいね。