別ディレクトリにあるファイルを関連付けする方法ってないですか?
例えば、ソースがカレントディレクトリ、出力が一つ下のディレクトリだと、

SRC = $(wildcard *.hoge)
DEST = $(addprefix ../,$(SRC:.js=.mage))

.SUFFIXES: .hoge .mage
all: $(DEST)

.hoge.mage:
 @echo $@ $<

では上手くいきません・・・
.hoge../.mageみたいに関連付けられないのかなあ