そうか、makedepend って、Makefile を直接書き換えちゃうのか。
とすると、makedepend をした後に、
sed -e 's/\.c\.o/\.o/' Makefile > Makefile.new
mv Makefile Makefile.bak
mv Makefile.new Makefile
とかやってみては。
ちなみに、オレだったら、GNUMakeが前提だけど
depend:
makedepend -fdepend.mf -I$(INCDIR) -- $(CFLAGS) -- $(SRCS)
makedepend -f- -I$(INCDIR) -- $(CXXFLAGS2) -- $(SRCSXX) | sed 's/\.c\.o/\.o/' >> depend.mf

-include depend.mf

とやるかな。つまり、依存関係は別ファイルに書き出して、それを
Makefile にインクルードさせる。