俺の場合：
図を正確に綺麗に書くことに力を注ぐとはまるので(笑、
適当に大雑把にクラス図を書きながら、ソースの構成を理解する。
重要なメソッドや機能について、メソッドの呼び出し経路を追っかけて、
大雑把にシーケンス図を書いて、各クラスの機能分担や、相互関係を理解する。
他にもあるけど、とりあえずこんなところで。