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俺もCマガの記事は読んだこと無いけどBPEの作者は特許取らない
ような事を言ってたらしいよ。

たしかBPEでは200種のByteが出てくるまで読みこんで(これを１ブロックとする)
その中から最多頻度のペアから順次残りの56種に割り当てて
圧縮していって圧縮が効かなくなるか256種使いきるまでやって
ペア表(軽く圧縮)・ブロックサイズ・圧縮データの組を順次出力してたと思う。

BPEが実際に使われた例は1しか知らないな。(除自作プログラム)