>……エンコーディング、明示的に指定する方法があるんでしょうか？
APIリファレンス嫁よ。FileReaderのところに書いてある。

もう何回書いたかわからんようなコードだな。
エンコーディングはShift_JISなりeuc-jpなりWindows-31JなりJISAutoDetect(非奨励)なり試してみれ

String encoding = "euc-jp";
String filename = "template.txt";
StringBuffer body = new StringBuffer();

BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(filename), encoding));
try {
　　String line;
　　while ((line = in.readLine()) != null) {
　　　　body.append(line);
　　　　body.append("\n");
　　}
} finally {
　　in.close();
}
System.out.println(body.toString());

しかし、Debianでeuc-jpのファイルならFileReaderでも読めるはずだから
なにか別の原因かも。