>>616見て激しくﾜﾗﾀので、ついうっかり追試してしまった。

問題のタイミングは最小化からの復帰。メインフォームでだけ起きるみたいですね。
CLXはアプリケーションウィンドウを持たないのでその影響かな。
(Delphi6ですけど、Kylixでも起きるのだろうか？)

とりあえず単純にApplication.OnRestoreに以下のコードで回避。

procedure TForm1.AppRestore(Sender: TObject);
begin
　FormStyle := fsNormal;
　Show;
　FormStyle := fsStayOnTop
end;

某雑誌のKylixの連載は、やたら低レベルAPI使いまくってKylixの意義が今ひとつ。
それとも、C言語並みの事ができるという事を見せつけるためにやってるのでしょうか。