ありがとう。今、
class test {
　native int nativemethod(int ch) {
　　return ch;
　}
}
ってやってみたらコンパイルエラーになったので、少しわかってきた。

javaのプログラム上では(nateveで修飾した)メソッドの宣言だけしておいて、
実際の動作は別なところに(Cなどで)記述するってことだね。
で、Cなどからアクセスするためのインターフェースや規約は
ドキュメントのJNIのところに書いてあると。(全然読んでないけど)

実際に必要になるまでは、この程度の理解でよいのかな。