言語はjavaのほうが、時代の主流です。
特に、他社と一緒に開発するときや、
web関係であれば、
javaのほうが、断然、安全に仕事が進捗し、安上がりですね。

ひとりで作るのであれば、Cでもjavaでも良いでしょう。
あと、制御系の中核に関わるならあと3年は、Cでしょうね。
yahooもすでにjavaで稼動していますし、
先進部分も(ポータル)、javaで構築済みです。

C言語で作成されたシステムが、バッファオーバーフローのバグを
未だに潰しきれていない以上、大手サイトの動向は適切ですね。