これから少しずつソースを読んで行こうと思います。
良いリファレンス、ひげぽんの間違い指摘、アドバイス等ありましたら
ぜひ書き込みください。

まずはこの部分から。
>;setup the stack
>;we can't allow interrupts while we setup the stack
スタックセットアップをしているらしい。
>
>cli　　　　　　　　　　 ;disable interrupt　 ■外部割込みを禁止する
ここはOK

>mov　　 ax,0x9000　　　 ;put stack at 0x9000 ■汎用レジスタに0x9000をセットする
axに0x9000を入れることにどういう意味があるか？
ssに0x9000をいれるためか？

>mov　　 ss,ax　　　　　 ;ss=9000　　　　　　 ■セグメントレジスタ(スタックセグメント)にaxの値をセットする
mov ss,0x9000とどう違うのか？
またどういう意味があるか？

>mov　　 sp,0　　　　　　;sp=0000　　　　　　 ■スタックポインタに0をセットする
どういう意味があるか？

>sti　　　　　　　　　　 ;enable interrupt　　■外部割込みを可能にする
ここはOK

勉強が足らないですね。