デバッグはしてないけどこんな感じかな

gawk -f hoge.awk a.txt b.txt c.txt
----hoge.awk
BEGIN{FS=","}

{
　　if(FNR==NR) {
　　　　for(i=1;i<=NF;i++) keys[i]=$i;
　　}
　　else {
　　　　for(i=1;i<=NF;i++) {
　　　　　　dat[FILENAME,i]=0;
　　　　　　for(j in keys) if(keys[j]==$i) dat[FILENAME,i]=1;
　　　　}
　　　　cnt[FILENAME]=NF;
　　}
}

END{
　　for(i in keys) printf(keys[i]",");
　　printf("\n");

　　for(fname in cnt) {
　　　　printf(fname",");
　　　　for(i=1; i<=cnt[fname]; i++) {
　　　　　　printf(dat[fname,i]",");
　　　　}
　　}
}