・Javaを使いたいケース
アルゴリズムを検証したい時
アルゴリズムを実験的に作りたい時
アルゴリズムを個人的に利用したい時
（シミュレーターなど）

・Javaを使いたくないケース
初心者でも使える形で配布したい時
C++じゃなきゃ使えないシステムコール（API)があって
JNIを使いたくない時

・C++を使うケース
とにかく、メモリを節約して、実行速度の速いプログラムを作りたい時
他人に売りたい時

・C++を使いたくないケース
Javaが使えるならいつでも

という事で、個人的な趣味であればJava>C++だと思います。