>>334
ありがとうございます。

1. jcode.pl も試してみてなかなかうまく処理できなくてまいっていたんですが、
自分の側でなんとかすることができました。

2.
メモリ全然足りないです。実メモリ(384MB)どころか仮想メモリすら使い果たしそうな勢いで・・・
(勝手な試算で十数GBほどです)
データ構造特化ですが、あまり特化できそうにもないです。
Perlにそこまで無駄なメモリ使いがなく、単純にCに書き直したとしても
あまりメモリ使用量は変わらないんですね。

ということで、メモリを使わないような処理(あまり関係ない箇所を手抜きとか)に実装する方向で検討します。
ありがとうございます。