【C++ で使えて Java で使えないもの】
多重継承、inline 関数、プリプロセッサディレクティブ (マクロ)、
演算子オーバーロード、インラインアセンブリ、デストラクタ起動の
明示的なタイミング、テンプレート機能 (JDK1.5で対応?)、明示的な
ヒープの割り当てと開放

【Java で使えて C++ で使えないもの】(最近使ってないから間違ってるかも)
synchronized 構文、finally ブロック、クラス名からインスタンスの生成、
安全なダウンキャスト、オブジェクトシリアライゼイション、ラベル付き
ブロック抜け、notify/wait のシグナル

こんな感じ? ライブラリレベルになるとたくさんある。
ちなみに friend クラスや多重継承と同じことは inner クラス使えば
大抵出来る。