つまり配列で持つと上限を越えた場合こまるってこと？
なら動的に用意するといいよ。ﾘｽﾄとか知ってる？

自分で構造体かｸﾗｽをつくってﾌｧｲﾙ名やﾃﾞｨﾚｸﾄﾘかどうかのﾌﾗｸﾞをもたせて
ﾒﾝﾊﾞ関数で登録や削除や参照や破棄が出来るようにすると良いんじゃないかな。

＞それとも表示し直したいディレクトリ名で再検索する方がいいのでしょうか。
都度検索でも良いがどのみちそういう検索をしてﾘｽﾄを作成する関数は必要だろう。