たくさんのファイルにバラけてるのは、キャッシュを有効に活用できるから。
同じ画像を違うページから参照すること、良くあるからねぇ。
たしかに、用途によっては１つのファイルにまとめるのが便利ってこともあるが。

小さいファイルが山ほどあるとオーバーヘッドが、という話は、
これがhttpリクエストを何度も送らなきゃならない/そのたびに
TCP接続のハンドシェークが起きる、というような話であるなら、
Keep-Aliveとパイプラインで解決だ。

ところで、i-node不足ってことは、サーバのファイルシステムを
考え直せ、ってことかいな？ Webの構造とは関係ない次元だと思う
のだが？