Firefoxにjarファイルを使わない拡張を
新EMでインストール/アンインストールするパッチを書いてみました。
ttp://cgi29.plala.or.jp/~mozzarel/addon/aviary/FolderExtForNewEM/

0.9の場合、componentsフォルダに入っているnsExtensionManager.jsを
ttp://cgi29.plala.or.jp/~mozzarel/addon/aviary/FolderExtForNewEM/nsExtensionManager.js
と差し替えれば、ちゃんと動くはずです。
ナイトリーに使うのであれば、diff.txtをソースにあててください。

ただ、このバグがfixされた方がいいかどうかは微妙ですね。
もちろん、出来るにこした事はない、とは思いますが、
拡張やテーマを自分で書かない限り不要(いわゆるbloated)な気もします。