Prisonerクラスを作ってやりませんか？
class Prisoner{
virtual int decide()=0;
virtual void notify(int result)=0;
}
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while(1){
a=prisoner_a->decide();
b=prisoner_b->decide();
prisoner_a->notify(b);
prisoner_b->notify(a);
if ( ( a == 0 ) && ( b ==0 ) ) { pa+=3;pb+=3; } /* 協調：協調 */
if ( ( a == 1 ) && ( b ==0 ) ) { pa+=5;pb+=0; } /* 裏切り：協調 */
if ( ( a == 0 ) && ( b ==1 ) ) { pa+=0;pb+=5; } /* 協調：裏切り */
if ( ( a == 1 ) && ( b ==1 ) ) { pa+=1;pb+=1; } /* 裏切り：裏切り */
}

こんな感じで・・・