サーブレット・JSPで出来ないことなんてあるのか？
やろうと思えば何でも出来る気がするが・・・・。
面倒なのは複数DBサーバ間のトランザクションの管理くらい
しか思い浮かばんなぁ。

簡単なWebApplication（たとえばログインだけのもの）でも
後ろにRDBMSがあるならばEJBを使ったほうが
生産性・安全性はあがらないかね？