本番として動いている業務アプリで、.class を稼動中に入れ替えるという運用は怖くてできない。
そんな運用を指定するユーザーもそうはいないだろう。
仕様で規定されているとはいえ不要な障害をもたらしそうな部分だし、
APサーバごと再起動の方が手順もわかりやすい。

JSPなどはプリコンパイルさせて、.classファイルのみを.warに含めてるよ。
(でなければ最初のコンパイルに時間がかかりすぎる)