>> 845
> warファイルに入っているServletから、
> 他のearに含まれているＥＪＢって呼ぶことができますか？

できるにきまっている。なんのための分散オブジェクトだ？

> 大規模開発等ではearファイル等をどのように分割されていますか？
> ユースケース単位ですか？
> earファイルを分ける不具合ってありますか？

ユースケース単位でわける？そんな細かくしてなんの意味がある。
（テキストを1行ずつファイルにわけるようなものだ。）

アプリケーション単位だろ。普通。