正直、一番初心者向けのEJB対応APサーバはJ2EE RIだと思う。
セットアップは簡単。設定は必要最小限。他のソフトと連動させる必要なし。デプロイツールは附属。デプロイも簡単。
TomcatでServlet＋JSPの勉強するくらいなら、RIでServlet＋EJB＋JSPの勉強したほうがいいと思う。