てゆうかWebLogic使ったことないんだけど、
> WebLogicのstartWebLogic.cmdにCLASSPATH=xxx.jarなどとパスを通して、
こんなことしていいのか？
複数のWebアプリケーションから共通で参照されるのであれば将来的にjarのバージョン不整合とか起きないか？
Webアプリケーションからjarを参照するなら、EARにjarを組み込むだけでいいんじゃない？（EARの下に./library/xxxx.jarみたいに）
manifestにはEARルートからそのEAR内jarへの相対パスを記述するはず。（classpath ./libraryみたいな感じ？記述ルール忘れた）