どもです。
確かJNDIを意識する必要があるのが、
・JAR自体につけるJNDI
・WARでつけるJNDI参照
・EARでつけるJNDI参照
・クライアントの直打ち
の4箇所だったと思うんだけど、
「JAR自体にJNDI名をつけてJNDIに登録して、クライアントからその名前で呼ぶ・・・というのは
分かるんだけど、WARやEARにJNDI参照をつけるのには何か意味があるのかなー？って
思ったわけです。コンテナがこの情報を使って何をしてるのかが分からないんです。
これって特に指定しなくても動作するものなのですか？

あと、リソース参照というのも分かりません。JDBCのDataSourceとかもここに登録するの？
今はコードのlookupで"jdbc/xxxxx"を決め打ちしてて、これで特に問題ないから気にしてないんだけど、
DDに記述すると何か挙動が変わるんでしょうか？

うーんどうやら根本的な知識が不足しているようだ。