さきほどemacs21.2(cygwin)+jdee の環境を構築し、使い始めました。
>>70 的をはずしているかもしれないけど....
emacsのメニューの JDE>Project>Optins>General の Jde Make Working Directory
の設定で、私は ./ にしています。

その他の設定：
Jde Ant Program: ant.bat
Jde Ant Args: -emacs
Jde Ant Buildfile: build.xml
Jde Ant Read Target: on
Jde Ant Enable Find: on

で、自分の開発環境が下記のような構成になっている時、
~/
　prj_a/　　<- ここが cvs における prj_a モジュールのトップ
　　build.xml
　　jp/
　　　co/
　　　　hoge/
　　　　　a_servlet.java
　prj_b/　　<- ここが cvs における prj_b モジュールのトップ
　　build.xml
　　org/
　　　hoge/
　　　　b_servlet.java

ソースを編集しているバッファが
a_servlet.java のときは ~/prj_a/build.xml が適用され、b_servlet.java のときは ~/prj_b/build.xml が適用されるようになっています。
(ようはコマンドラインにおいて、c:\prj_a\jp\co\hoge\>ant -f build.xml を実行させているわけです)
こういう話ではなくて？