質問なのですが、C#ってJITコンパイラですよね？

JITの場合って実行時にコンパイルされるから、
起動が遅いだけで、その後の実行自体は普通のexe
と変わらないような気がするのですが、何で、普通の
exeより明らかに遅いのでしょうか？
あと、javaについても同じ疑問を持っているのですが、
どうなんでしょ？