fstreamってC++標準ライブラリのですよね？
一方TFileStreamはVCL独自。
ですから、どちらでもいいときはfstreamを使っておけば後々他の環境に移行する時も楽と思います。
一方、コンポーネントをストリーミングしたり、TMemoryStreamなどとの間で中身をコピーするなど、
VCL特有の機能が必要な時は、TFileStreamを使うしかありません。