単一のプロセスでしか読み書きしないなら、
自前で書いた方が速くなる可能性は高い。

が、原子性の保証やバックアップ・リカバリの方法、
アクセス方法の標準化、ネットワーク対応、負荷分散、
複雑なクエリーやリレーションの解決など考えると
DBを使った方がお得だ。

ISAMの利用も検討してみるといい。
自分で作るより、おそらくそっちの方が早いし速い。