ＪＡＶＡでオブジェクトをｃｌｏｎｅすると、参照先が同じオブジェクトが
生成されますが、
参照先のデータごとコピーする一般的方法はあるのでしょうか？

いまのところは、自分でＣＬＯＮＥをオーバーライドしたり、
コピーの時に自分で移し変えてます。