>>68
？？？？出来ない事は無いが、やる意味がよくわからん。
ソースの中で
#ifdef HOGE
・・・・
#endif
ってしておいて、Makefaileで

withhoge:
　　　cc -c ... -D HOGE
withouthoge:
　　　cc -c ...

っとかするんだよ。
make withhoge
ってすると、-D HOGEつきのコンパイルが出来る。

つか、それがわかった上での質問なのか？