Webみたいなマルチスレッドだと、
１つのTDatabase.StartTransactionだと破綻するところが、
TIBTransactionをスレッド毎にCreateすることで回避できるのでしょうか。

こんな感じですか？
IBTransaction.Create;
IBTransaction.DefaultDatabase = IBDatabase
IBTransaction.StartTransaction
try try
　//処理
　IBTransaction.Commit;
eccept
　IBTransaction.Commit;
end
finally
　IBTransaction.Free;
end