返信ありがとうございます
>484です
>order by 句での昇順or降順方向とインデックスの昇順or降順方向と一致してる？
はい、再度確認をとりましたが一致しています

あれからいろいろと考え
プライマリーキーをDropIndexで削除(参照整合性のIndexのみ)したところ
ExceptionTimeが5.0348だったのが
0.0030(Indexは参照整合性のために作ったIndexを使用してるようです)になりました

これっていったいどういう事でしょう？
Indexの作り方が間違ってるのでしょうか？